Река Преголя (прусск. Preigara, Preigile, нем. Pregel) является крупнейшей водной артерией в Калининградской области, полностью протекающей по ее территории. Она берет начало от слияния Анграпы и Инструча вблизи Черняховска и впадает в Калининградский залив.
Преголя относится к типу равнинных рек. По мнению ученых, она образовалась около 15 тысяч лет назад — после ухода ледников из Прибалтики. Ее длина составляет около 123 километров; ширина в районе Гвардейска, в месте ответвления Деймы — 40-60 метров, в месте слияния Старой и Новой Преголи (за островом Канта) — около 70 метров, в районе двухъярусного моста — около 130 метров; в районе острова Коссе ширина Преголи достигает 370 метров, в месте впадения в Калининградский залив — около 250 метров. Крупнейший приток — Лава, впадающая в нее в 37 километрах от устья. Кроме Лавы, в Преголю впадают малые реки Байдуковка, Бобровая, Гвардейская, Большая, Голубая, Лаковка, Гурьевка, Глубокая, Гремячья. Дейма фактически является рукавом Преголи и впадает в Куршский залив. Кроме того, Преголя соединяется каналом с рекой Неман.
В 30 километрах от устья, в районе поселка Озерки, Преголя разделяется на два рукава — северный (Новая Преголя) и южный (Старая Преголя). Рукава соединяются множеством проток и образуют большое количество островов, в основном заболоченных, поросших камышом и тростником и служащих местом обитания различных видов водоплавающих птиц. В черте Калининграда находятся два острова —Октябрьский (быв. Ломзе), крупнейший из островов, с жилой застройкой в западной части, и остров Канта (быв. Кнайпхоф), ближайший к устью.
Глубина Преголи колеблется от 2-3 метров в верхнем течении до 17-18 в нижнем, скорость течения составляет 0,5-1 м/сек. Преголя является судоходной рекой и со времен средневековья была важным транспортным и торговым путем. Для улучшения условий судоходства ее русло периодически углублялось. В начале XX века для соединения с Балтийским морем был прорыт Кенигсбергский (после 1946 года — Калининградский) судоходный канал. В 1920-1926 годах прорыт Инстербургский канал и построено пять шлюзов. В 1855 году открыто регулярное речное сообщение между Кенигбергом и Тильзитом (ныне Советск) на первом железном пароходе «Шнель».
Крупнейшие населенные пункты, расположенные на берегах Преголи — Черняховск (быв. Инстербург), Знаменск (быв. Велау), Гвардейск (быв. Тапиау) и Калининград (быв. Кенигберг). На территории Калининградской области через Преголю переброшено 15 мостов, 9 из них — в областном центре: мост на Южном обходе (рядом с бывшим Пальмбургским, или Берлинским, мостом, демонтированным в 2015 году), Восточная эстакада, Второй эстакадный, Высокий, Деревянный, Юбилейный, Медовый, Эстакадный, Двухъярусный.
В центре Калининграда на Преголе расположена Набережная исторического флота с экспозицией Музея Мирового океана, включающей рыболовный траулер СРТ-129, плавучий маяк «Ирбенский», научно-исследовательское судно «Витязь», судно космической связи «Космонавт Виктор Пацаев» и подводную лодку Б-413. При швартовке НИС «Витязь» проводились дноуглубительные работы.
В устьевой части Преголи расположен Калининградский порт — единственный незамерзающий российский порт на Балтийском море, имеющий стратегическое значение. Первые упоминания о торговой гавани вблизи замка Кенигсберг относятся к 1339 году. Быстрое развитие порта началось в следующем, 1340 году, когда города Кнайпхоф, Альтштадт и Лебенихт вошли в Ганзейский союз. Одним из символов и самых живописных мест Кенигсберга были Ластадии (от нем. die Last — тяжесть, ноша), район фахверковых складов на набережной Хундегатта — изгиба русла Прегеля, в настоящее время находящегося между Эстакадным мостом и Дворцом спорта «Юность». Район был полностью уничтожен английской авиацией в 1944 году. Сохранилась лишь часть кирпичных пакгаузов по обе стороны реки. Сейчас в них расположены экспозиции музея Мирового океана (наб. Баграмяна) и коммерческие структуры (ул. Портовая).
Между портом и Калининградским заливом расположен Прибалтийский судостроительный завод «Янтарь», созданный в 1945 году на базе завода «Ф. Шихау». Завод специализируется на строительстве военных и гражданских судов различных типов.
Преголя и ее притоки богаты рыбой — здесь обитает около сорока ее видов, в том числе сом, сазан, щука, судак, толстолобик, налим, лещ, окунь, плотва, чехонь, густера, хариус, краснопёрка, ерш, жерех, уклея, бычок, вьюн. В значительных количествах водятся раки, при нагонных ветрах из Калининградского залива в реку попадает китайский мохнаторукий краб. В 2016 году в районе музея Мирового океана был выловлен экземпляр большого северного краба. В том же году при проведении подводных работ во время реконструкции Высокого моста водолазы обнаружили гигантского сома, вес которого, по слухам, мог достигать 200-220 килограммов. В честь этого события в августе 2018 года на Набережной ветеранов была установлена скульптура в виде сома, обвивающего хвостом дом смотрителя Высокого моста.
В 90-х годах, при чистке русла Преголи, со дна были подняты многочисленные артефакты различных эпох — несколько образцов старинного оружия, монеты, ювелирные украшения, а также предметы быта, религиозного культа и декора зданий, остатки мебели, фрагменты одежды, осколки посуды. Часть находок в настоящее время хранится в фондах Калининградского областного историко-художественного музея.
На берегах Преголи в Калининграде находятся такие городские достопримечательности, как Памятный знак морякам-балтийцам, футбольная арена «Стадион Калининград», бастион «Прегель», Рыбная деревня, дом смотрителя Высокого моста, Кафедральный собор, здание Кенигсбергской биржи, Музей Мирового океана.
Река Преголя на карте Калининградской области: